エウレカ第01話
月光ステイトが空中戦を繰り広げるシーンから始まる。続いて主人公レントンの「最悪」な日常が描かれ、人類最古のLFOであるニルヴァーシュがレントンの部屋がある建物に突っ込んでくる。少女エウレカと出会う。
レントン「俺ぐらいのメカニックになると機械に心があるってわかるんですよ」
エウレカ「なにいってるの。そんなの当たり前じゃない」*1
エウレカ第02話
アミダドライブを届けるため崖から飛び出したレントンは波に乗って空を飛び出す。ニルヴァーシュに乗り込み、アミダドライブを装着。なぜかニルヴァーシュは動かなくなりエウレカも一瞬意識を失う。レントン、パニックするもエウレカに抱きしめられ、姉の腕の中に抱かれていた頃の記憶を思い出す。セブンスウェル発動。
レントン「ねだるな、勝ち取れ。さすれば与えられん」
アクセル「これは儂らを破滅させ、死を導く光だ。しかし、なんと美しい……」
エウレカ第04話
月光ステイトは貧乏なわけで。金儲けのために臓器売買の密輸に荷担。
タルホ「でもさ、本当にあの子たちがエウレカの実の子供だったらどうだったの？」
レントン（それに僕は答えられなかった。何かいい言い方があることは分かっていたんだけど、でも、このときの僕にはそれが思いつかなかったんだ）
エウレカ第06話
ママ（エウレカ）をとられたくない子供達がレントンへ悪戯をする。
ホランド「あいつには大人がいなかったんだ。きちんと叱ってくれる大人が。だから俺たちがやらなきゃいけない。俺たちが大人としてレントンに罰を与えなきゃいけないんだ」
エウレカ第08話
レントン、エウレカは買い出しに町に出る。
ホランドはノルブの居場所を知るため政府に手配されている人物への接触を試みる（その人物が危険な反政府分子と聞いていたので最初は手荒な手段により接触した）。
エウレカ第09話
宗教都市シウダデス・デル・シエロで前話にて収容したおばさんを下ろす。レントンはこの地でニルヴァーシュが白い悪魔と呼ばれていたこと、エウレカが元軍の犬であり大勢の人間を殺したことを知る。月光ステイトの前身が人殺しの集団SOFであったことも明らかとなる。レントンは月光ステイトの正式メンバーになる。
レントン「だったら一緒に行こう、エウレカ!!」
エウレカ「行こう、レントン。ニルヴァーシュがレントンに従えっていってる」
エウレカ第14話
やや総集編。情報整理、確認。少しばかりの新事実。前半はストナー、後半はドミニクが語る。
エウレカ第18話
リフレクション・フィルムの加工をする月光ステイトのメンバー。発掘屋のブリタニが事態をややこしくする。
エウレカ「（前略）ねえ、レントン」
レントン「ごめん。今何いわれても頭入んない。一人にしてよ」
エウレカ「……」ドアを蹴飛ばす。
エウレカ第19話
エウレカはニルヴァーシュに乗って洞窟の奥へ向かう。洞窟の外は軍に包囲されてしまう。ニルヴァーシュに追いついたレントンは、洞窟奥に飲み込まれかけていたエウレカを見付ける*5。セブンスウェルが生じ、月光号は洞窟から飛び出す。
エウレカ第20話
冤罪で処刑されるヴォダラクの高僧をホランドは単独で救出する。ホランドの選択がエウレカのためだったと知ったレントンは自己嫌悪で暴走気味にホランド救出に向かい、本当に暴走する。正気に返り、ちぎれた腕を見て吐く。
エウレカ第21話
レントンはこれまで人殺しをしていたことに気付き、動揺する。ボダラクの僧のおかげで肉体的に復帰した（しかし精神的にはまだ病弱な）エウレカに会う。レントンはエウレカに嫌われたと思い、月光号をあとにする。チャールズとレイが登場する。
レントン「そう、僕はずっと人を殺してたんだ」
エウレカ第24話
レントンはチャールズたちの正体を知り、彼らの船をあとにする。
ミーシャ「エウレカだけでも駄目。レントンだけでも駄目。重要なのは二人のバランスなのよ」
チャールズ（自由とは獲得しなければならないものであって無償で与えられるものではない。自由であることとはその責を負い覚悟することだ。分かるな、レントン）
エウレカ第26話
エウレカはレントンを会うために船をでる。レントンはすれ違い、月光号に戻る。レントンはニルヴァーシュでエウレカを迎えに行く。エウレカと合流してからはセブンスウェル*7によって敵機のリフレクション・フィルムを破壊した。
チャールズ「なぜだ!? なんで追いつけねえ!? スペック的には圧倒しているはずだ!!! なぜだ!!?」
エウレカ第27話
チャールズ、レイは二人だけで月光号に取りつき、白兵戦を仕掛ける。チャールズは死に、レイは船から脱出する。
エウレカ第33話
落ち込んでいるエウレカを励ますために思いで作りとは何かを考えるレントン。一方、ホランドはチャールズとの白兵戦で重傷を負ったためにリフも満足にできなくなっていた。月光ステイトの目的が当初と変わってきたことからホランドは月光ステイトの解散を告げるが、他のクルーはホランドについていく意志を明らかにする。
エウレカ第34話
ホランドの口からノルブとの出会いが語られる。ノルブの初恋の相手サクヤはコーラリアンだった、など。ドギーが月光号の操縦を務めることになる。
ノルブ「コーラリアンは怪物ではない。この大地が見る夢だ」
ノルブ「彼女の笑顔を見たことはあるか？ 笑顔こそ変化の証だ」
エウレカ第37話
まごうことなき総集編。タルホが語る。チャールズと出会うところ辺りまで。
エウレカ第38話
父親アドロックを知らないレントンはアドロックを知るエウレカから話を聞きたがるが、エウレカにはその感覚が分からず二人はうまく疎通を図れない。周囲はこの行き違いを面白く勘違いする*10。
ストナー「メインでもカウンターでもない、人々の希望となりうるような真実が含まれていると思っている」
エウレカ第40話
ノルブの導きのもと、サクヤのいるヴォダラ宮に潜入する。サクヤは巨大な蓮のつぼみの姿をしていた。
エウレカ第45話
ドミニクとユルゲンスは軍に造反、月光ステイトに与する意思を表明する。ユルゲンスの演説とドミニクの説得が見所。
エウレカ第47話
レントンたちは広大な図書館を思わせる場所、エウレカの本当の家、スカブコーラルの中核、司令クラスターへ辿り着く。ダイアンはスカブについて語る。一万年前スカブは地球にて隆盛を極め、地球人類はスカブを恐れて星を捨てた。人類が戻ってきたとき、融合以外のコミュニケーション手段をもたないスカブはメッセンジャー（サクヤ、エウレカ）を人類に送った。今いる星こそが地球だったと知らされる。
レントン「司令クラスターへの攻撃を止める」
ダイアン「どうやって？」
レントン「エウレカと」
エウレカ「レントンと」
二人「二人でニルヴァーシュに乗って」
エウレカ第48話
オラトリオ＃８が発動し、星に穴を開ける。ジエンドが司令クラスターめざし、出撃する。ドミニクはアネモネを説得しようと開口部に飛び込む。レントンとエウレカはアネモネの心の悲鳴を聞き、彼女を助けようとする。デューイはジエンドが射出したビーコンへ今度は最大出力でオラトリオ＃８を撃つ。ジエンドはアネモネとドミニクを庇い消滅する。
エウレカ第49話
デューイの胸にはコンパクドライブが埋まっていた。デューイは自害する。
エウレカ第50話
デューイの自害により、エウレカは代理の司令クラスターとしてスカブに取り込まれる。レントンは覚醒したニルヴァーシュに乗ってエウレカに会いに行く。
ホランド「いいか、俺たちの目的はただ一つ。司令クラスターとなったエウレカと接触し、再度人類とスカブコーラルの調停を行うことだ。ただし問題がある。エウレカから送られてくる信号が次第に小さくなっている。俺たちが辿り着くまでエウレカが意識を保っていられるよう呼び続けろ。それはお前にしかできないことだ」
